6182 - GeMME, une interface modélisant la cartographie comparée des mammifères : Application à l'étude de la régionalisation des génomes de l'homme et de la souris

Description bibliographique

Auteur :

Spataro, Bruno (UCBL. Université Claude Bernard de Lyon, Lyon 1. BBE. Laboratoire de Biométrie et biologie évolutive. France) ; Gautier, Christian (dir.)

Éditeur :

UCBL. Université Claude Bernard de Lyon, Lyon 1. BBE. Laboratoire de Biométrie et biologie évolutive. France

Page source :

Laboratoire de Biométrie, Génétique et Biologie des Populations. Rubrique Thèses, http://biomserv.univ-lyon1.fr/sitelabo/index.php

Langue :

français

Diplôme :

Thèse, évolution, écosystèmes, microbiologie et modélisation, 2001/04/18

Description du contenu

Spécialité :

Sciences du vivant - Biologie - Génétique
Sciences du vivant - Biologie - Zoologie

Mots clés :

information génétique ; génome ; carte génomique ; interface GeMME ; cartographie comparée ; régionalisation ; isochore ; tachychore ; organisation spatiale

Table des matières :

Introduction
I. L'organisation des génomes de mammifères
1. Introduction
2. Le banding chromatinien
3. Les isochores
4. La structuration en tachychore
II. La cartographie génomique
1. Les cartes génomiques
2. La cartographie comparée
III. GeMME, une interface pour la cartographie comparée
1. Quelques interfaces pour la cartographie comparée
2. Le projet GeM
3. Les données
4. L'interface GeMME
IV. Organisation spatiale de l'information génétique
1. Caractéristiques des gènes cartographiés
2. La spécificité chromosomique
3. Les bandes cytogénétiques humaines
4. Les paramètres confondants
5. Mise en évidence de la régionalisation structurale et fonctionnelle
Conclusion et perspectives

Résumé :

L'organisation de l'information génétique le long des génomes de mammifères est fortement structurée. Certaines de ces structures sont clairement identifiées bien qu'encore mal comprises (isochores, bandes cytogénétiques) mais d'autres restent à explorer. L'établissement de cartes génomiques, permettant de localiser précisement les éléments porteurs de l'information génétique, et notamment les gènes, est une étape indispensable pour la mise en évidence et la compréhension des phénomènes à l'origine de la mise en place et du maintient de ces structures. GeMME est une interface développée dans le cadre d'un vaste projet autour de la cartographie génomique des mammifères, s'appuyant sur une base de connaissances développée en parallèle et regroupant des informations relatives à la cartographie mais aussi aux séquences, à l'expression et aux relations d'homologie pour les gènes de l'homme et de la souris. GeMME permet l'interrogation de la base en fonction de critères biologiquement pertinents, la visualisation des données ainsi que leur analyse grâce à des outils statistiques intégrés. L'utilisation de GeMME a permis à l'auteur de confirmer la structuration des génomes aux niveaux chromosomique et cytogénétique, mais aussi l'existence de structures régionales (isochores, taychores) et le rôle particulier joué par les régions télomériques. Les relations existant entre les paramètres structuraux, fonctionnels et évolutifs sont difficiles à appréhender, mais cette étude montre que la prise en compte de la composante spatiale s'avère indispensable dans l'analyse des génomes et de leur évolution. (d'après résumé d'auteur)

Accès à la ressource

Format :

PDF
Taille du fichier : entre 2 et 5 Mo

Notes :

Document de 216 pages.

URL de référence :

http://biomserv.univ-lyon1.fr/txtdoc/THESES/SPATAROB/

Autres URLs :

http://biomserv.univ-lyon1.fr/txtdoc/THESES/SPATAROB/TheseSPAB.pdf

Notice mise en ligne le 17/12/2004